Het Gertrudiscollege hecht veel waarde aan goede contacten met het basisonderwijs in het belang van de leerlingen, ouders en de verdere ontwikkeling van zowel het primair als het voortgezet onderwijs. In het overlegorgaan BOVO (basisonderwijs – voortgezet onderwijs) komen thema’s ter sprake die zowel het basis- als het voortgezet onderwijs raken. Het Gertrudiscollege neemt al vele jaren het voorzitterschap van dat overleg op zich.