Het Gertrudiscollege is een grote school. Om voor de jongste leerlingen een eigen veilige plaats te creëren krijgen ze een groot deel van hun lessen in “de villa” en in leshuis blauw. Daar hebben zij ook hun eigen ingang, garderobe, kluisjes enzovoorts. De oudste leerlingen verblijven in een ander deel van het gebouw: de leshuizen geel en rood. Ook anderszins maken we onderscheid tussen de diverse afdelingen. Zo zijn eer bijvoorbeeld  verschillende lunchpauzes voor de verschillende afdelingen.