Op het Gertrudiscollege krijgt de leerlingbegeleiding vooral vorm via het mentormodel. De mentor is de spil van de begeleiding. Hij heeft de zorg voor een klas of groep leerlingen. Voor leerlingen en ouders is de mentor het eerste aanspreekpunt. De mentoren krijgen in de begeleiding van de leerlingen ondersteuning van de leerjaarcoördinatoren. De mentoren begeleiden de leerling, zij kunnen de wijze waarop zij dit doen op hun eigen manier invullen. Mentoruren zijn in de eerste en tweede klas ingeroosterd. De mentor vervult een belangrijke rol in het signaleren van problemen bij leerlingen en probeert die samen met de ouders en hun kind op te lossen.

De leerling in de brugklas van het havo krijgt nog eens extra ondersteuning van de mentor in vergelijking met de ondersteuning die de andere brugklasleerlingen krijgen. De motivatie daarvoor is, dat er geen dakpan brugklas vmbo tgl/havo bestaat, waarin leerlingen terecht kunnen van wie het nog niet duidelijk is of het tgl of havo zal worden. In de visie van de school past het om leerlingen kansen te bieden. Om de kans van slagen te vergroten, krijgen deze leerlingen het eerste jaar extra zorg. De bespreking van leerlingen in 2 havo in het mentorenteam naast de reguliere rapportvergaderingen, is ook een voorbeeld van die extra zorg.